พล็อตแผนที่ความร้อนของค่าไบนารี่และค่าต่อเนื่อง

ฉันมีเมทริกซ์การวิเคราะห์วิถีนี้ ยีนในแต่ละเส้นทางจะได้ 1 ถ้าไม่ใช่ 0 ฉันยังมีการเปลี่ยนแปลงแบบพับสำหรับยีนด้วย ฉันพยายามพล็อตสิ่งนี้ แต่การเปลี่ยนแปลงแบบพับนั้นสับสนกับการไม่มีและข้ออ้างของยีนเช่น:

ป้อนคำอธิบายรูปภาพที่นี่

ฉันเหนื่อย

heatmap(m)

dput(m)
structure(c(1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 
0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 
1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 
0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 
0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 
0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 
1, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 
1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 
1, 1, 1, 1, -0.903826171835163, -0.247705285294349, -0.401239527828149, 
-1.20189443333319, -0.758305343685411, -1.10106389326754, -0.585488441571586, 
-0.610209849183418, -1.28841166063443, -1.2443689942311, -0.44380661806954, 
-0.393767679922636, -0.9865911233588, -1.16638985537113, -0.846196153682942, 
-1.08069734237831, -0.585488441571586, -0.501442757103725, -1.09515274600357, 
-1.28841166063443, -0.758305343685411, -0.358909656766957, -0.435604213681894, 
-0.233037798755743, -0.401239527828149, -1.28841166063443, -0.563163557390339, 
-1.08069734237831, -0.247705285294349, -0.903826171835163, -0.9865911233588, 
0.377359646511066, 0.453386357728066, 1.70862112102298, 0.532342427101257, 
1.61935728655752, 1.15211775940032, 0.265720938549918, 0.420856476956162, 
0.377359646511066, 0.350765937539292, 0.276646264257092), .Dim = c(42L, 
8L), .Dimnames = list(c("CCL2", "CCL4", "CD40", "CLCF1", "CSF3", 
"CXCL5", "CXCL6", "CXCL8", "IL1B", "IL6", "IL6R", "LTB", "OSM", 
"TNFRSF1B", "TNFSF10", "FOS", "FOSL1", "MMP3", "PTGS2", "TNFAIP3", 
"BCL2A1", "BIRC3", "CFLAR", "DDX58", "GADD45B", "TIRAP", "EDN1", 
"SOCS3", "IGF2", "JAK1", "NR4A1", "CACNA1D", "CALML5", "CALML6", 
"CCNA2", "CCND2", "CDK6", "MAPK1", "RBL1", "CDC6", "CDKN2C", 
"SMC3"), c("Cytokine-cytokine receptor interaction", "IL-17 signaling", 
"NF-kappa B signaling", "TNF signaling", "PI3K-Akt signaling", 
"Cellular senescence", "Cell cycle", "Log2FC")))

> head(m)
      Cytokine-cytokine receptor interaction IL-17 signaling
CCL2                                       1               1
CCL4                                       1               0
CD40                                       1               0
CLCF1                                      1               0
CSF3                                       1               1
CXCL5                                      1               1
      NF-kappa B signaling TNF signaling PI3K-Akt signaling
CCL2                     0             1                  0
CCL4                     1             0                  0
CD40                     1             0                  0
CLCF1                    0             0                  0
CSF3                     0             0                  1
CXCL5                    0             1                  0
      Cellular senescence Cell cycle     Log2FC
CCL2                    0          0 -0.9038262
CCL4                    0          0 -0.2477053
CD40                    0          0 -0.4012395
CLCF1                   0          0 -1.2018944
CSF3                    0          0 -0.7583053
CXCL5                   0          0 -1.1010639
> 

คุณช่วยแก้ปัญหานี้ได้ไหม?


person user6517    schedule 12.02.2020    source แหล่งที่มา
comment
ไม่แน่ใจว่าคุณคาดหวังอะไร แต่ดูเหมือนว่าจะวางแผนสิ่งที่คุณป้อนด้วยการทำให้แถวเป็นมาตรฐาน (เช่น scale="row")   -  person user12728748    schedule 12.02.2020


คำตอบ (1)


heatmap(as.matrix(m[,1:7])) ควรทำเคล็ดลับ ป้อนคำอธิบายรูปภาพที่นี่

person shome    schedule 12.02.2020
comment
แต่เขาหมายถึงการมีแผนที่ความร้อนที่แสดงทั้งค่าไบนารี่และคอลัมน์ต่อเนื่อง ไม่ใช่แค่ละเว้นคอลัมน์ต่อเนื่อง - person Angel; 12.02.2020