การรวมลำดับ DNA จากสองไฟล์ภายใต้ชื่อสปีชีส์เดียวกัน

เมื่อใช้พจนานุกรม คุณสามารถผนวกลำดับ fasta เข้ากับแต่ละ ID ได้ จากนั้นพิมพ์ลงในไฟล์เอาท์พุต

outfile = open("joined.fas", 'w')

d = dict()

for file in ('gamma.fas', 'spc98.fas'):
    with open(file, 'r') as f:
        for line in f:
            line = line.rstrip()
            if line.startswith('>'):
                key = line
            else:
                d.setdefault(key, '')
                d[key] += line

for key, seq in d.items():
    outfile.write(key + "\n" + seq + "\n")

outfile.close()

แก้ไข: อย่างไรก็ตาม คุณกำลังเปิดไฟล์การอ่านสองไฟล์ของคุณโดยเปิดให้เขียนซึ่งจะปิดกั้นไฟล์อินพุตทั้งสองไฟล์

gamma = open('gamma.fas', 'w') spc = open("spc98.fas", 'w')

ควรเปิดด้วย r แทนที่จะเป็น w

เนื่องจากคุณติดแท็ก Biopython นี่เป็นโซลูชันขนาดกะทัดรัด โปรดทราบว่ามันจะทำให้ไฟล์ทั้งหมดอยู่ในหน่วยความจำ (ตามวิธีที่ง่ายที่สุด):

from Bio.Seq import Seq
from Bio import SeqIO

d = SeqIO.to_dict(SeqIO.parse('1.fasta', 'fasta'))

for r in SeqIO.parse('2.fasta', 'fasta'):
    d[r.id] = d.setdefault(r.id, Seq('')) + r.seq

SeqIO.write(d.values(), 'output.fasta', 'fasta')

ที่นี่ 1.fasta และ 2.fasta คือไฟล์ fasta อินพุตสองไฟล์ของคุณ และ output.fasta คือไฟล์เอาต์พุตที่รวมเข้าด้วยกัน

นอกจากนี้ โปรดทราบว่าในทางชีววิทยา ฉันคิดว่านี่เป็นสิ่งที่แปลกที่ต้องทำ การต่อลำดับระหว่างไฟล์หลาย ๆ ไฟล์อาจนำไปสู่การสร้างลำดับที่ต่อเนื่องกัน 'ปลอม' และลำดับของการต่อข้อมูลเป็นสิ่งสำคัญอย่างแน่นอน ดังนั้นควรระวัง