ความสัมพันธ์ระหว่างเมทริกซ์ R ที่แตกต่างกัน

ฉันกำลังพยายามสร้างความสัมพันธ์ (ด้วยค่า p) ระหว่างเมทริกซ์ที่แตกต่างกันสองตัว (หน่วยการจัดอนุกรมวิธานเชิงปฏิบัติการกับตัวกำหนดสภาพแวดล้อม) ใน R

โต๊ะแรกเป็นอันนี้

ไบโอติก1 ไบโอติก2 T1 1.540184 3.080025 T2 1.354927 5.012977 T3 1.449712 4.715981 T4 1.146659 2.442083 X1 1.705184 3.881878 X2 1.182721 3.0148 36 X3 1.536956 2.636719 X4 1.808025 4.434525 A1 1.132737 2.135737 A2 1.506048 3.114281 A3 1.285308 4.363828 A4 3.008994 7.290423

และโต๊ะที่สอง

OTU1 OTU2 OTU3 OTU4 OTU5 OTU6 OTU7 OTU8 T1 109 80 175 14 71 46 61 39 T2 102 48 26 8 23 5 35 10 T3 26 19 61 3 68 13 10 29 T4 143 56 9 11 16 13 4 9 24 X1 70 36 20 15 39 9 26 12 X2 39 33 12 32 15 2 11 3 X3 43 17 2 14 8 2 7 2 X4 160 60 8 26 25 7 9 15 A1 90 73 41 15 22 23 33 7 A2 344 109 18 28 22 13 93 16 เอ3 65 16 15 9 5 10 18 6 A4 141 140 6 86 18 3 43 4

ฉันได้ลอง cor() และ corr.test() แล้ว แต่เห็นว่ามีความสัมพันธ์กันกับค่าจากตารางแรกเท่านั้น

ข้อเสนอแนะใด ๆ ?

ขอบคุณมาก

F


person FranciscoC    schedule 14.05.2016    source แหล่งที่มา


คำตอบ (1)


ฉันยังไม่ชัดเจนว่าคุณคาดหวังผลลัพธ์อะไร.. อย่างไรก็ตาม หากคุณต้องการทดสอบความสัมพันธ์แบบง่ายๆ คุณต้องมีเมทริกซ์ในรูปแบบเวกเตอร์ คุณสามารถลองบางอย่างเช่น:

cor(c(as.matrix(your_matrix1)), c(as.matrix(your_matrix2)))

or

cor.test(c(as.matrix(your_matrix1)), c(as.matrix(your_matrix2)))

และดูว่าหนึ่งในตัวเลือกเหล่านี้ตรงกับความคาดหวังของคุณหรือไม่

อย่างไรก็ตาม การสำรวจชุดข้อมูลของคุณด้วยการวิเคราะห์สหสัมพันธ์ตามรูปแบบบัญญัติจะเหมาะสมกว่าสำหรับฉัน การใช้ฐาน R คุณสามารถใช้:

cancor(matrix1, matrix2)

คุณยังสามารถใช้แพ็คเกจบางตัวที่มีชุดเครื่องมือเพื่อตีความผลลัพธ์ (เช่น library(CCA))

person G. Cocca    schedule 14.05.2016
comment
ขอบคุณสำหรับคำตอบ G. Cocca ฉันต้องการเชื่อมโยง OTU แต่ละรายการกับพารามิเตอร์ด้านสิ่งแวดล้อม - person FranciscoC; 14.05.2016