knitr markdown ลบไฟล์ภาพออกจากโฟลเดอร์โครงการ

ฉันมีไฟล์มาร์กดาวน์ R พื้นฐานนี้:

---
title: 'test'
output:
  html_document
---

![myimage](test.png)

ไฟล์ test.png สามารถพบได้ในโฟลเดอร์โครงการ ถ้าฉันรวบรวมเอกสารในครั้งแรกทุกอย่างก็ดี:

  |.................................................................| 100%
  ordinary text without R code


/Applications/RStudio.app/Contents/MacOS/pandoc/pandoc +RTS -K512m -RTS /Users/nf/test/test_file.utf8.md --to html --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash-implicit_figures --output test_file.html --smart --email-obfuscation none --self-contained --standalone --section-divs --template /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rmarkdown/rmd/h/default.html --variable 'theme:bootstrap' --include-in-header /var/folders/x0/87l48swx73lg569_81cctqt00000gp/T//RtmpYYJgwp/rmarkdown-stree426f43954e.html --mathjax --variable 'mathjax-url:https://cdn.mathjax.org/mathjax/latest/MathJax.js?config=TeX-AMS-MML_HTMLorMML' --no-highlight --variable highlightjs=/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rmarkdown/rmd/h/highlight 


processing file: test_file.Rmd
output file: /Users/nf/test/test_file.knit.md


Output created: test_file.html

แต่หากฉันคอมไพล์เป็นครั้งที่สอง (โดยไม่เปลี่ยนแปลงอะไรเลย) ฉันจะได้รับข้อผิดพลาดนี้:

  |.................................................................| 100%
  ordinary text without R code




processing file: test_file.Rmd
output file: /Users/nf/test/test_file.knit.md

/Applications/RStudio.app/Contents/MacOS/pandoc/pandoc +RTS -K512m -RTS /Users/nf/test/test_file.utf8.md --to html --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash-implicit_figures --output test_file.html --smart --email-obfuscation none --self-contained --standalone --section-divs --template /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rmarkdown/rmd/h/default.html --variable 'theme:bootstrap' --include-in-header /var/folders/x0/87l48swx73lg569_81cctqt00000gp/T//RtmprFBDzb/rmarkdown-streef56b8e7e99.html --mathjax --variable 'mathjax-url:https://cdn.mathjax.org/mathjax/latest/MathJax.js?config=TeX-AMS-MML_HTMLorMML' --no-highlight --variable highlightjs=/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rmarkdown/rmd/h/highlight 
pandoc: Could not fetch test.png
test.png: openBinaryFile: does not exist (No such file or directory)
Error: pandoc document conversion failed with error 67
Execution halted

ถ้าฉันดูในโฟลเดอร์โปรเจ็กต์ของฉัน รูปภาพ test.png จะหายไป ในกระบวนการรวบรวมเอกสารครั้งแรก รูปภาพจะถูกลบออกไป ฉันสามารถทำซ้ำได้ทุกครั้ง และแน่นอนว่ามันหายไปสำหรับการรวบรวมครั้งที่สอง สิ่งนี้ยังเกิดขึ้นกับ .RData ไฟล์ที่ฉันโหลดภายใน R ชิ้น ฉันยังพยายามเก็บไฟล์ไว้ในโฟลเดอร์แยกต่างหากและคัดลอกมันทุกครั้งที่รวบรวมเอกสารในโฟลเดอร์โปรเจ็กต์ของฉัน (ด้วยคำสั่ง file.copy()) แต่แล้วไฟล์ในโฟลเดอร์ภายนอกก็หายไปเช่นกัน ดูเหมือนว่าทุกไฟล์ที่กล่าวถึงในเอกสารมาร์กดาวน์จะถูกลบหรือย้ายไปที่อื่น

สิ่งที่ฉันพบคือสิ่งนี้จะเกิดขึ้นก็ต่อเมื่อชื่อของไฟล์มาร์กดาวน์มีช่องว่างเช่น test file.Rmd หน้า Html ที่สร้างจากไฟล์นี้มีรูปแบบ test_file.html ดังนั้นฉันเดาว่าจะมีการแปลงชื่อไฟล์โดยไม่มีช่องว่างเกิดขึ้น

ฉันคิดว่านี่เป็นจุดบกพร่องที่ฉันควรรายงานในตัวติดตามจุดบกพร่อง แต่เนื่องจากฉันไม่รู้ว่านี่เป็นเรื่องเกี่ยวกับ rmarkdown, knitr, pandoc, RStudio หรืออย่างอื่น ฉันจึงโพสต์ไว้ที่นี่

ข้อมูลเซสชันของฉัน:

R version 3.2.2 (2015-08-14)
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit)
Running under: OS X 10.11.2 (El Capitan)

locale:
[1] de_DE.UTF-8/de_DE.UTF-8/de_DE.UTF-8/C/de_DE.UTF-8/de_DE.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] knitr_1.11

loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_3.2.2

person nnn    schedule 19.01.2016    source แหล่งที่มา
comment
หมายเหตุจากอนาคต: cdn.mathjax.org ใกล้จะหมดอายุการใช้งานแล้ว โปรดดูเคล็ดลับการย้ายข้อมูลใน mathjax.org/cdn-shutting-down   -  person Peter Krautzberger    schedule 13.04.2017


คำตอบ (1)


การอัปเดตเป็น rmarkdown_0.9.2 แก้ไขปัญหาตามปัญหานี้: https://github.com/rstudio/rmarkdown/issues/580

person nnn    schedule 19.01.2016
comment
rmarkdown 0.9 แนะนำปัญหา: github.com/rstudio/rmarkdown/issues/580 และ คุณพูดถูกที่เราได้แก้ไขมันใน 0.9.2 - person Yihui Xie; 20.01.2016