Bagaimana Cara Memeriksa apakah Suatu Tanggal Ada dalam Daftar Interval di R?

Saya memiliki dua bingkai data (tibbles) dengan masing-masing 2 variabel:

  • df.POS: ID (variabel ID); TANGGAL (Tanggal tes lab positif)
  • df.NEG: ID (variabel ID); data (Tanggal tes lab negatif (lebih dari 1 tes).

Harap dicatat bahwa data adalah variabel daftar, dibuat dengan fungsi nest() dari paket rapir.

library(tidyverse)
library(lubridate)

# negative tests
dates.neg <- ymd(c('2018-02-01', '2018-02-06', '2018-02-10', 
             '2018-02-21', '2018-04-05'))
df.NEG <- tibble(ID = paste0('ID_', rep(1, 5)),
          DATE = dates.neg) %>%
       group_by(ID) %>% 
          nest()
df.NEG

## # A tibble: 1 x 2
##   ID    data            
##   <chr> <list>          
## 1 ID_1  <tibble [5 × 1]>


dates.pos <- ymd(c('2018-02-07', '2018-02-12', '2018-02-13', 
             '2018-02-20', '2018-02-21', '2018-03-18'))

df.POS <- tibble(ID = paste0('ID_', rep(1, 6)),
           DATE = dates.pos)
df.POS

## # A tibble: 6 x 2
##   ID    DATE      
##   <chr> <date>    
## 1 ID_1  2018-02-07
## 2 ID_1  2018-02-12
## 3 ID_1  2018-02-13
## 4 ID_1  2018-02-20
## 5 ID_1  2018-02-21
## 6 ID_1  2018-03-18

Saya ingin mengetahui tes positif mana yang juga tes negatif hingga 2 hari setelah hasil tes positif. Saya sudah mencoba menggunakan fungsi map2() dari paket purrr

df.TOTAL <- df.POS %>%
  left_join(df.NEG, by = 'ID') %>%
    mutate(TIME = interval(DATE, DATE + days(2)),
           RESULT = map2(data, "DATE", TIME, ~ .x %within% .y))

Sayangnya, kode saya tidak berfungsi. Variabel RESULT harus logis dan mengembalikan TRUE jika hasil tes negatif hingga 2 hari setelah tes positif. Sebaliknya itu adalah daftar dan mengembalikan NULL.

df.TOTAL

## # A tibble: 6 x 5
##   ID    DATE       data             TIME                           RESULT
##   <chr> <date>     <list>           <S4: Interval>                 <list>
## 1 ID_1  2018-02-07 <tibble [5 × 1]> 2018-02-07 UTC--2018-02-09 UTC <NULL>
## 2 ID_1  2018-02-12 <tibble [5 × 1]> 2018-02-12 UTC--2018-02-14 UTC <NULL>
## 3 ID_1  2018-02-13 <tibble [5 × 1]> 2018-02-13 UTC--2018-02-15 UTC <NULL>
## 4 ID_1  2018-02-20 <tibble [5 × 1]> 2018-02-20 UTC--2018-02-22 UTC <NULL>
## 5 ID_1  2018-02-21 <tibble [5 × 1]> 2018-02-21 UTC--2018-02-23 UTC <NULL>
## 6 ID_1  2018-03-18 <tibble [5 × 1]> 2018-03-18 UTC--2018-03-20 UTC <NULL>

Adakah yang bisa membantu?

Saya sangat menghargai bantuan. Terima kasih banyak sebelumnya!


r list date purrr tidyr
person Norbert Köhler    schedule 24.11.2018    source sumber

Jawaban (1)


arrow_upward
3
arrow_downward

Pertama, perhatikan bahwa Anda dapat menguji apakah elemen apa pun dari vektor tanggal "negatif" termasuk dalam interval "positif" seperti ini:

any(dates.neg %within% interval(dates.pos[1], dates.pos[1] + days(2)))
# [1] FALSE

Ini menyarankan pendekatan berikut menggunakan map2 -- atau lebih berguna, map2_lgl:

df.TOTAL <- df.POS %>%
  left_join(df.NEG, by = 'ID') %>%
    mutate(TIME = interval(DATE, DATE + days(2)),
           RESULT = map2_lgl(data, TIME, ~any(.x$DATE %within% .y)))
# # A tibble: 6 x 5
#   ID    DATE       data             TIME                           RESULT
#   <chr> <date>     <list>           <S4: Interval>                 <lgl> 
# 1 ID_1  2018-02-07 <tibble [5 x 1]> 2018-02-07 UTC--2018-02-09 UTC FALSE 
# 2 ID_1  2018-02-12 <tibble [5 x 1]> 2018-02-12 UTC--2018-02-14 UTC FALSE 
# 3 ID_1  2018-02-13 <tibble [5 x 1]> 2018-02-13 UTC--2018-02-15 UTC FALSE 
# 4 ID_1  2018-02-20 <tibble [5 x 1]> 2018-02-20 UTC--2018-02-22 UTC TRUE  
# 5 ID_1  2018-02-21 <tibble [5 x 1]> 2018-02-21 UTC--2018-02-23 UTC TRUE  
# 6 ID_1  2018-03-18 <tibble [5 x 1]> 2018-03-18 UTC--2018-03-20 UTC FALSE

Terima kasih kepada @ubutun untuk memperbaiki jawabannya.

person Weihuang Wong    schedule 24.11.2018
comment
Bukankah map2_lgl(data, TIME, ~ any(.x$DATE %within% y)) lebih jelas? Pokoknya - jawaban yang bagus, terima kasih atas informasi berharganya. - person utubun; 24.11.2018
comment
@utubun: Ah, benar -- lebih lugas. Saya akan mengedit untuk mencerminkan saran Anda. - person Weihuang Wong; 24.11.2018
comment
Terima kasih banyak. Itu hebat! :-) - person Norbert Köhler; 24.11.2018
comment
@NorbertKöhler: Selamat datang di SO, dan senang membantu. Jika jawaban ini menyelesaikan pertanyaan Anda, harap tandai sebagai diterima. - person Weihuang Wong; 24.11.2018