korelasi antara matriks yang berbeda R

Saya mencoba membuat korelasi (dengan nilai p) antara dua matriks berbeda (unit taksonomi operasional versus parameter lingkungan) di R

Tabel pertama adalah ini

biotik1 biotik2 T1 1,540184 3,080025 T2 1,354927 5,012977 T3 1,449712 4,715981 T4 1,146659 2,442083 X1 1,705184 3,881878 X2 1,182721 3,0148 36 X3 1,536956 2,636719 X4 1,808025 4,434525 A1 1,132737 2,135737 A2 1,506048 3,114281 A3 1,285308 4,363828 A4 3,008994 7,290423

dan meja kedua

OTU1 OTU2 OTU3 OTU4 OTU5 OTU6 OTU7 OTU8 T1 109 80 175 14 71 46 61 39 T2 102 48 26 8 23 5 35 10 T3 26 19 61 3 68 13 10 29 T4 143 56 9 11 16 13 4 9 24 X1 70 36 20 15 39 9 26 12 X2 39 33 12 32 15 2 11 3 X3 43 17 2 14 8 2 7 2 X4 160 60 8 26 25 7 9 15 A1 90 73 41 15 22 23 33 7 A2 344 109 18 28 22 13 93 16 A3 65 16 15 9 5 10 18 6 A4 141 140 6 86 18 3 43 4

Saya sudah mencoba cor() dan corr.test() tetapi hanya terlihat mengkorelasikan nilai dari tabel pertama

Ada saran?

Terima kasih banyak

F


person FranciscoC    schedule 14.05.2016    source sumber


Jawaban (1)


Bagi saya tidak jelas hasil apa yang Anda harapkan.. Namun jika Anda ingin melakukan uji korelasi sederhana, matriks Anda harus dalam format vektor. Anda dapat mencoba sesuatu seperti:

cor(c(as.matrix(your_matrix1)), c(as.matrix(your_matrix2)))

or

cor.test(c(as.matrix(your_matrix1)), c(as.matrix(your_matrix2)))

dan lihat apakah salah satu opsi ini memenuhi harapan Anda.

Namun lebih masuk akal bagi saya untuk menjelajahi kumpulan data Anda dengan analisis korelasi kanonik. Menggunakan basis R Anda dapat menggunakan:

cancor(matrix1, matrix2)

Anda juga dapat menggunakan beberapa paket yang memiliki seperangkat alat untuk menafsirkan hasilnya (mis. library(CCA))

person G. Cocca    schedule 14.05.2016
comment
Terima kasih atas jawabannya G. Cocca, saya ingin mengkorelasikan setiap OTU dengan parameter lingkungan. - person FranciscoC; 14.05.2016