Построение тепловой карты двоичных и непрерывных значений

У меня есть эта матрица анализа пути. Гены в каждом пути получают 1, если не 0. У меня также есть кратное изменение для генов. Я попытался построить это, но кратное изменение было спутано с отсутствием и притворством генов, например:

введите здесь описание изображения

я пытался

heatmap(m)

dput(m)
structure(c(1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 
0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 
1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 
0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 
0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 
0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 
1, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 
1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 
1, 1, 1, 1, -0.903826171835163, -0.247705285294349, -0.401239527828149, 
-1.20189443333319, -0.758305343685411, -1.10106389326754, -0.585488441571586, 
-0.610209849183418, -1.28841166063443, -1.2443689942311, -0.44380661806954, 
-0.393767679922636, -0.9865911233588, -1.16638985537113, -0.846196153682942, 
-1.08069734237831, -0.585488441571586, -0.501442757103725, -1.09515274600357, 
-1.28841166063443, -0.758305343685411, -0.358909656766957, -0.435604213681894, 
-0.233037798755743, -0.401239527828149, -1.28841166063443, -0.563163557390339, 
-1.08069734237831, -0.247705285294349, -0.903826171835163, -0.9865911233588, 
0.377359646511066, 0.453386357728066, 1.70862112102298, 0.532342427101257, 
1.61935728655752, 1.15211775940032, 0.265720938549918, 0.420856476956162, 
0.377359646511066, 0.350765937539292, 0.276646264257092), .Dim = c(42L, 
8L), .Dimnames = list(c("CCL2", "CCL4", "CD40", "CLCF1", "CSF3", 
"CXCL5", "CXCL6", "CXCL8", "IL1B", "IL6", "IL6R", "LTB", "OSM", 
"TNFRSF1B", "TNFSF10", "FOS", "FOSL1", "MMP3", "PTGS2", "TNFAIP3", 
"BCL2A1", "BIRC3", "CFLAR", "DDX58", "GADD45B", "TIRAP", "EDN1", 
"SOCS3", "IGF2", "JAK1", "NR4A1", "CACNA1D", "CALML5", "CALML6", 
"CCNA2", "CCND2", "CDK6", "MAPK1", "RBL1", "CDC6", "CDKN2C", 
"SMC3"), c("Cytokine-cytokine receptor interaction", "IL-17 signaling", 
"NF-kappa B signaling", "TNF signaling", "PI3K-Akt signaling", 
"Cellular senescence", "Cell cycle", "Log2FC")))

> head(m)
      Cytokine-cytokine receptor interaction IL-17 signaling
CCL2                                       1               1
CCL4                                       1               0
CD40                                       1               0
CLCF1                                      1               0
CSF3                                       1               1
CXCL5                                      1               1
      NF-kappa B signaling TNF signaling PI3K-Akt signaling
CCL2                     0             1                  0
CCL4                     1             0                  0
CD40                     1             0                  0
CLCF1                    0             0                  0
CSF3                     0             0                  1
CXCL5                    0             1                  0
      Cellular senescence Cell cycle     Log2FC
CCL2                    0          0 -0.9038262
CCL4                    0          0 -0.2477053
CD40                    0          0 -0.4012395
CLCF1                   0          0 -1.2018944
CSF3                    0          0 -0.7583053
CXCL5                   0          0 -1.1010639
> 

Можете ли вы помочь решить эту проблему?


person user6517    schedule 12.02.2020    source источник
comment
Не уверен, чего вы ожидаете, но кажется, что он отображает то, что вы ввели, с нормализацией строк (т.е. scale="row").   -  person user12728748    schedule 12.02.2020


Ответы (1)


Heatmap(as.matrix(m[,1:7])) должен помочь. введите здесь описание изображения

person shome    schedule 12.02.2020
comment
Но он имеет в виду наличие тепловой карты, показывающей как двоичные значения, так и непрерывный столбец, а не просто игнорирование непрерывного столбца. - person Angel; 12.02.2020