У меня есть эта матрица анализа пути. Гены в каждом пути получают 1, если не 0. У меня также есть кратное изменение для генов. Я попытался построить это, но кратное изменение было спутано с отсутствием и притворством генов, например:
я пытался
heatmap(m)
dput(m)
structure(c(1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1,
1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,
0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0,
1, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0,
1, 1, 1, 1, -0.903826171835163, -0.247705285294349, -0.401239527828149,
-1.20189443333319, -0.758305343685411, -1.10106389326754, -0.585488441571586,
-0.610209849183418, -1.28841166063443, -1.2443689942311, -0.44380661806954,
-0.393767679922636, -0.9865911233588, -1.16638985537113, -0.846196153682942,
-1.08069734237831, -0.585488441571586, -0.501442757103725, -1.09515274600357,
-1.28841166063443, -0.758305343685411, -0.358909656766957, -0.435604213681894,
-0.233037798755743, -0.401239527828149, -1.28841166063443, -0.563163557390339,
-1.08069734237831, -0.247705285294349, -0.903826171835163, -0.9865911233588,
0.377359646511066, 0.453386357728066, 1.70862112102298, 0.532342427101257,
1.61935728655752, 1.15211775940032, 0.265720938549918, 0.420856476956162,
0.377359646511066, 0.350765937539292, 0.276646264257092), .Dim = c(42L,
8L), .Dimnames = list(c("CCL2", "CCL4", "CD40", "CLCF1", "CSF3",
"CXCL5", "CXCL6", "CXCL8", "IL1B", "IL6", "IL6R", "LTB", "OSM",
"TNFRSF1B", "TNFSF10", "FOS", "FOSL1", "MMP3", "PTGS2", "TNFAIP3",
"BCL2A1", "BIRC3", "CFLAR", "DDX58", "GADD45B", "TIRAP", "EDN1",
"SOCS3", "IGF2", "JAK1", "NR4A1", "CACNA1D", "CALML5", "CALML6",
"CCNA2", "CCND2", "CDK6", "MAPK1", "RBL1", "CDC6", "CDKN2C",
"SMC3"), c("Cytokine-cytokine receptor interaction", "IL-17 signaling",
"NF-kappa B signaling", "TNF signaling", "PI3K-Akt signaling",
"Cellular senescence", "Cell cycle", "Log2FC")))
> head(m)
Cytokine-cytokine receptor interaction IL-17 signaling
CCL2 1 1
CCL4 1 0
CD40 1 0
CLCF1 1 0
CSF3 1 1
CXCL5 1 1
NF-kappa B signaling TNF signaling PI3K-Akt signaling
CCL2 0 1 0
CCL4 1 0 0
CD40 1 0 0
CLCF1 0 0 0
CSF3 0 0 1
CXCL5 0 1 0
Cellular senescence Cell cycle Log2FC
CCL2 0 0 -0.9038262
CCL4 0 0 -0.2477053
CD40 0 0 -0.4012395
CLCF1 0 0 -1.2018944
CSF3 0 0 -0.7583053
CXCL5 0 0 -1.1010639
>
Можете ли вы помочь решить эту проблему?
scale="row"
). - person user12728748   schedule 12.02.2020