корреляция между различными матрицами R

Я пытаюсь создать корреляцию (со значениями p) между двумя разными матрицами (операционные таксономические единицы и параметры окружающей среды) в R

Первая таблица это

biotic1 biotic2 T1 1.540184 3.080025 T2 1.354927 5.012977 T3 1.449712 4.715981 T4 1.146659 2.442083 X1 1.705184 3.881878 X2 1.182721 3.014836 X3 1.536956 2.636719 X4 1.808025 4.434525 A1 1.132737 2.135737 A2 1.506048 3.114281 A3 1.285308 4.363828 A4 3.008994 7.290423

и вторая таблица

OTU1 OTU2 OTU3 OTU4 OTU5 OTU6 OTU7 OTU8 T1 109 80 175 14 71 46 61 39 T2 102 48 26 8 23 5 35 10 T3 26 19 61 3 68 13 10 29 T4 143 56 9 15 39 4 X 1 470 2 9 26 12 Х2 39 33 12 32 15 2 11 3 Х3 43 17 2 14 8 2 7 2 Х4 160 60 8 26 25 7 9 15 А1 90 73 41 15 22 23 33 7 А2 344 109 18 28 22 16 А 393 16 15 9 5 10 18 6 А4 141 140 6 86 18 3 43 4

Я уже пробовал cor() и corr.test(), но он видит только корреляцию значений из первой таблицы.

Любое предложение?

Большое спасибо

F


r correlation
person FranciscoC    schedule 14.05.2016    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
1
arrow_downward

Мне не ясно, какой результат вы ожидаете. Однако, если вы хотите выполнить простой тест корреляции, вы должны иметь свои матрицы в векторном формате. Вы можете попробовать что-то вроде:

cor(c(as.matrix(your_matrix1)), c(as.matrix(your_matrix2)))

or

cor.test(c(as.matrix(your_matrix1)), c(as.matrix(your_matrix2)))

и посмотрите, соответствует ли один из этих вариантов вашим ожиданиям.

Однако для меня имеет больше смысла исследовать ваши наборы данных с помощью канонического корреляционного анализа. Используя базу R, вы можете использовать:

cancor(matrix1, matrix2)

вы также можете использовать некоторые пакеты, которые имеют набор инструментов для интерпретации результатов (например, library(CCA))

person G. Cocca    schedule 14.05.2016
comment
Спасибо за ответ G. Cocca, я хочу соотнести каждую отдельную OTU с параметрами окружающей среды. - person FranciscoC; 14.05.2016