Knitr Markdown удаляет файл изображения из папки проекта

У меня есть этот базовый файл уценки R:

---
title: 'test'
output:
  html_document
---

![myimage](test.png)

Файл test.png можно найти в папке проекта. Если я компилирую документ в первый раз, все хорошо:

  |.................................................................| 100%
  ordinary text without R code


/Applications/RStudio.app/Contents/MacOS/pandoc/pandoc +RTS -K512m -RTS /Users/nf/test/test_file.utf8.md --to html --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash-implicit_figures --output test_file.html --smart --email-obfuscation none --self-contained --standalone --section-divs --template /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rmarkdown/rmd/h/default.html --variable 'theme:bootstrap' --include-in-header /var/folders/x0/87l48swx73lg569_81cctqt00000gp/T//RtmpYYJgwp/rmarkdown-stree426f43954e.html --mathjax --variable 'mathjax-url:https://cdn.mathjax.org/mathjax/latest/MathJax.js?config=TeX-AMS-MML_HTMLorMML' --no-highlight --variable highlightjs=/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rmarkdown/rmd/h/highlight 


processing file: test_file.Rmd
output file: /Users/nf/test/test_file.knit.md


Output created: test_file.html

Но если я скомпилирую его во второй раз (ничего не меняя), я получаю эту ошибку:

  |.................................................................| 100%
  ordinary text without R code




processing file: test_file.Rmd
output file: /Users/nf/test/test_file.knit.md

/Applications/RStudio.app/Contents/MacOS/pandoc/pandoc +RTS -K512m -RTS /Users/nf/test/test_file.utf8.md --to html --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash-implicit_figures --output test_file.html --smart --email-obfuscation none --self-contained --standalone --section-divs --template /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rmarkdown/rmd/h/default.html --variable 'theme:bootstrap' --include-in-header /var/folders/x0/87l48swx73lg569_81cctqt00000gp/T//RtmprFBDzb/rmarkdown-streef56b8e7e99.html --mathjax --variable 'mathjax-url:https://cdn.mathjax.org/mathjax/latest/MathJax.js?config=TeX-AMS-MML_HTMLorMML' --no-highlight --variable highlightjs=/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rmarkdown/rmd/h/highlight 
pandoc: Could not fetch test.png
test.png: openBinaryFile: does not exist (No such file or directory)
Error: pandoc document conversion failed with error 67
Execution halted

Если я загляну в папку моего проекта, изображение test.png исчезнет. В процессе первой компиляции документа изображение удаляется. Я могу воспроизвести его каждый раз. И то, конечно, отсутствует для второй компиляции. Это также происходит с .RData файлами, которые я загружаю внутри блоков R. Я даже пытался хранить файлы в отдельной папке и копировать их каждый раз, когда я компилирую свой документ в папке проекта (командой file.copy()). Но тогда файлы во внешней папке тоже исчезают. Кажется, что каждый файл, упомянутый в документе уценки, удаляется или перемещается куда-то еще.

Я обнаружил, что это происходит только в том случае, если имя файла уценки содержит пробелы, такие как test file.Rmd. Html-страницы, созданные из этого файла, отформатированы test_file.html, поэтому я предполагаю, что происходит некоторое преобразование в имя файла без пробелов.

Я думаю, что это ошибка, о которой я должен сообщить в какой-нибудь трекер ошибок, но, поскольку я не знаю, касается ли это rmarkdown, Knitr, Pandoc, RStudio или чего-то еще, я размещаю его здесь.

Информация о моем сеансе:

R version 3.2.2 (2015-08-14)
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit)
Running under: OS X 10.11.2 (El Capitan)

locale:
[1] de_DE.UTF-8/de_DE.UTF-8/de_DE.UTF-8/C/de_DE.UTF-8/de_DE.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] knitr_1.11

loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_3.2.2

person nnn    schedule 19.01.2016    source источник
comment
Примечание из будущего: cdn.mathjax.org подходит к концу, проверьте mathjax.org/cdn-shutting-down, чтобы получить советы по миграции.   -  person Peter Krautzberger    schedule 13.04.2017


Ответы (1)


Обновление до rmarkdown_0.9.2 устранило проблему в соответствии с этой проблемой: https://github.com/rstudio/rmarkdown/issues/580

person nnn    schedule 19.01.2016
comment
rmarkdown 0.9 представил проблему: github.com/rstudio/rmarkdown/issues/580 и вы правы, мы исправили это в 0.9.2 - person Yihui Xie; 20.01.2016