У меня есть этот базовый файл уценки R:
---
title: 'test'
output:
html_document
---
![myimage](test.png)
Файл test.png
можно найти в папке проекта. Если я компилирую документ в первый раз, все хорошо:
|.................................................................| 100%
ordinary text without R code
/Applications/RStudio.app/Contents/MacOS/pandoc/pandoc +RTS -K512m -RTS /Users/nf/test/test_file.utf8.md --to html --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash-implicit_figures --output test_file.html --smart --email-obfuscation none --self-contained --standalone --section-divs --template /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rmarkdown/rmd/h/default.html --variable 'theme:bootstrap' --include-in-header /var/folders/x0/87l48swx73lg569_81cctqt00000gp/T//RtmpYYJgwp/rmarkdown-stree426f43954e.html --mathjax --variable 'mathjax-url:https://cdn.mathjax.org/mathjax/latest/MathJax.js?config=TeX-AMS-MML_HTMLorMML' --no-highlight --variable highlightjs=/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rmarkdown/rmd/h/highlight
processing file: test_file.Rmd
output file: /Users/nf/test/test_file.knit.md
Output created: test_file.html
Но если я скомпилирую его во второй раз (ничего не меняя), я получаю эту ошибку:
|.................................................................| 100%
ordinary text without R code
processing file: test_file.Rmd
output file: /Users/nf/test/test_file.knit.md
/Applications/RStudio.app/Contents/MacOS/pandoc/pandoc +RTS -K512m -RTS /Users/nf/test/test_file.utf8.md --to html --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash-implicit_figures --output test_file.html --smart --email-obfuscation none --self-contained --standalone --section-divs --template /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rmarkdown/rmd/h/default.html --variable 'theme:bootstrap' --include-in-header /var/folders/x0/87l48swx73lg569_81cctqt00000gp/T//RtmprFBDzb/rmarkdown-streef56b8e7e99.html --mathjax --variable 'mathjax-url:https://cdn.mathjax.org/mathjax/latest/MathJax.js?config=TeX-AMS-MML_HTMLorMML' --no-highlight --variable highlightjs=/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rmarkdown/rmd/h/highlight
pandoc: Could not fetch test.png
test.png: openBinaryFile: does not exist (No such file or directory)
Error: pandoc document conversion failed with error 67
Execution halted
Если я загляну в папку моего проекта, изображение test.png
исчезнет. В процессе первой компиляции документа изображение удаляется. Я могу воспроизвести его каждый раз. И то, конечно, отсутствует для второй компиляции. Это также происходит с .RData
файлами, которые я загружаю внутри блоков R. Я даже пытался хранить файлы в отдельной папке и копировать их каждый раз, когда я компилирую свой документ в папке проекта (командой file.copy()
). Но тогда файлы во внешней папке тоже исчезают. Кажется, что каждый файл, упомянутый в документе уценки, удаляется или перемещается куда-то еще.
Я обнаружил, что это происходит только в том случае, если имя файла уценки содержит пробелы, такие как test file.Rmd
. Html-страницы, созданные из этого файла, отформатированы test_file.html
, поэтому я предполагаю, что происходит некоторое преобразование в имя файла без пробелов.
Я думаю, что это ошибка, о которой я должен сообщить в какой-нибудь трекер ошибок, но, поскольку я не знаю, касается ли это rmarkdown, Knitr, Pandoc, RStudio или чего-то еще, я размещаю его здесь.
Информация о моем сеансе:
R version 3.2.2 (2015-08-14)
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit)
Running under: OS X 10.11.2 (El Capitan)
locale:
[1] de_DE.UTF-8/de_DE.UTF-8/de_DE.UTF-8/C/de_DE.UTF-8/de_DE.UTF-8
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] knitr_1.11
loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_3.2.2