проблема с командой git fault с использованием программы Java

В CMD в Windows я могу заставить его работать, используя двойные кавычки для параметров awk:

 git --git-dir D:\code_coverage\.git blame  'src/RunCodeCoverage.java'
 | grep e4ecfbe | awk "{print $7}"

Обратите внимание, что мой awk.exe взят из Gnu On Windows.

В OP упоминается использование этой команды в Java с помощью:

String commandToBeExecuted="git --git-dir D:\code_coverage\.git blame 'src/RunCodeCoverage.java' | grep e4ecfbe | awk "{print $7}"'"; 
Process p = Runtime.getRuntime().exec(commandToBeExecuted);

Но вы никогда не передаете все параметры в виде одной строки.
Используйте массив, как в "Использование кавычек в getRuntime().exec" и в разделе "Как заставить каналы работать с Runtime.exec()?"

Process p = Runtime.getRuntime().exec(new String[]{"cmd", "/c", commandToBeExecuted);

Избегайте двойных кавычек в commandToBeExecuted:

 commandToBeExecuted = "git --git-dir D:\code_coverage\.git blame  'src/RunCodeCoverage.java'
 | grep e4ecfbe | awk \"{print $7}\""